信用保証協会の保証によって貸付を受けた中小企業者が、所定の期日までに金融機関に対して、返済できない場合には、事故となり信用保証協会は中小企業者に代わって金融機関に対して代位弁済します。
この代位弁済の額が大きくなると、信用保証協会の業務の運営に支障が生じるため、国の信用保険制度により代位弁済額の７０〜８０％（これを「てん補率」といいます。）が保険金として、日本政策金融公庫から信用保証協会に支払われ、信用保証協会の業務のバックアップがされています。（この受領保険金には、返済義務があり回収があった場合は、てん補率に応じて、日本政策金融公庫に返納することになっています。）
このように信用補完制度は、中小企業者が金融機関から融資を受けるさいに付する信用保証協会の信用保証制度と、信用保証協会が金融機関に対して負担する保証債務の保険を引受ける日本政策金融公庫の信用保険制度の二つから成り立っています。
なお、信用補完制度のシステム及び契約関係は、下図のとおりです。
